嘉泰二年（1201），侂胄渐收罗知名之士，又意在开边，士大夫之好言恢复者，亦多擢用。然政府、枢密、台谏、侍从多其私人。苏师旦寄声邀崇龟一见，欲处以要津。崇龟叹曰：“呈身御史，古人所耻。今日言路不得行志，况一登厮役之门，则遗臭百世，归结吾身可也。”崇龟蒞职甫兼旬，进书恩赏在即，力丐外补，知江州（按：宋以后皆以四川浔阳为江州）。江州岁旱，崇龟举家蔬食，为民祈祷，已而困应。累迁枢密院检详文字。侂胄北伐兵败。
开禧三年（1207）八月，金国所欲者五事：割江、淮、增岁币，索归正人，犒军银，且欲得太师（侂胄）头耳。侂胄既死，礼部尚书史弥远（字同叔）任知枢密院事兼参知政事。十月，弥远陞右丞相兼枢密使，其对宁宗奏曰：“自权臣专政，士夫趋附，中立不倚，在朝士中独崇龟一人。”崇龟即日除监察御史。崇龟入奏，其略曰：“名器，天下之公共也，比年以来，率以私坏。权臣奴隶，官或至于建节；内官家奴，宠或至于僭踰。有自权郎，不历州县，径尹天邑；有自初官，不历外任，经登内地。名器冗滥有如此者！士大夫风俗之倡也，私意一启，廉耻道丧。伺候于权要之门，废职事，赂典客，冀得一见以为荣；归投于权要之厮役，称门生，呼恩府，败坏风教而不恤。或身叙谱系，或愿结姻连，士气卑陋有如此者！”其言切至，上可其奏。
嘉定改元（1208），宁宗令侍从、台谏禀议“北虏议和”，要求韩侂胄“函首”事。三月己丑，诏百官集议。权兵部尚书倪思谓有伤国体，廷臣尽主其议，众议还俘获，罪首谋，增岁币。吏部尚书楼钥（字大防）曰：“和议重事，待此而决，奸究己毙之首，又何足惜。”因命临安府斫棺取首，枭之两淮，遂以侂胄及师旦首付假右司郎中王楠送金额师，以易淮、陕侵地。崇龟独认为“侂胄之罪固不可——（赦免），然函道送虏，辱国甚矣”，遂不预议。崇龟寻除兵部侍郎，兼权给事中。从政之余，尤勤著述，有《诗经讲义》、《州郡风土记》、《静胜文集》等行世。崇龟卒年六十一，赠送奉大夫（按：《仙游县志》作“通议大夫”），葬墓筑仙游县云居山。仲昭论曰：“余崇龟不肯登权臣之门，而归洁其身，时有以中立不倚荐之，其信然哉！”
崇龟传子日华，字君实，敦行博学，事亲至孝。崇龟教子有方，“非面命之，言提其耳。”诚如其宗亲广东经略安抚使余良弼（字岩起）撰《教子诗》云：“白天发无凭吾老矣，青春不再汝知乎？年将弱冠非童子，学不成名岂丈夫。幸有明窗并净几，何劳凿壁与编蒲。功成欲自殊头角，记取韩公训阿符。”余氏家学渊源深厚，日华秉承父训，“博学而详学之，将以反说约也。”宁宗嘉泰二年（1202），日华赴京应省试，攫壬戌科傅行简榜进士，历官知潮阳县。任上不畏强御，务直民枉，以除强不胜，为权门所挤，遭其所陷，邑人惜之。
日华平生嗜读书，尤工文翰。归隐林下，所居筑有撷英阁，藏书万卷，杂以书法名画，日坐其间，繙阅吟咏以自娱云。著有《兑斋文集》、《凌江唱和集》存世。余氏族联云：“法书名画撷英阁，似柳散文敬志堂。”上联所指南宋诗人、书画家余日华有珍贵书法名画存世。下联所指为清顺治贡生余子锦（字陶石），此人工诗、善草书，古文清峭矫健，近似唐代散文大家柳示元（字子厚），子锦著有《敬志堂集》。
俗云：“恭德慎行，为世师范。”崇龟“勉哉夫子，行矣勉旃”，故居官能谨始虑终。其生平事迹可见《莆阳比事》卷一、《南宋馆阁录》卷七、卷九、《仙溪志》、《闽大记》卷之十五、《八闽通志》卷之七十一、《重刊兴化府志》卷之四十、《莆阳文献》列传三十四、《闽书》卷之一百十三、《福建通志》卷四十八、《重修仙游县志》卷之十七、卷之三十四、《仙游县志》第三十五篇、《中国历代人名大辞典》、《闽台百家姓》。 （续完）（黄祖绪）